Die Leitung des Ordens oblag zuerst dem Papst, wurde jedoch unter Pius XII. einem Kardinal übertragen, der in dieser Funktion den Titel eines Kardinal-Grossmeisters trägt. Der Lateinische Patriarch von Jerusalem ist Grossprior des Ordens.

 

Das Grossmeisteramt in Rom unterstützt den Kardinal-Grossmeister in der Leitung des Ordens. Die Mitglieder des Grossmeisteramtes, die nationalen Statthalter sowie je ein Vertreter des Staatssekretariates und der Ostkirchenkongregation bilden die Consulta. Diese tritt mindestens alle vier Jahre zusammen und berät die Ordensleitung.

 

Länderweise sind die Ordensmitglieder in sogenannten Statthaltereien zusammengefasst, welche jeweils von einem Statthalter geleitet werden, dem als beratendes Organ ein Rat zur Seite steht. Stellvertreter des Statthalters und geistlicher Leiter ist ein Bischof mit dem Titel Grossprior. Die Statuten der Statthaltereien richten sich nach dem jeweiligen Landesrecht.

 

Auch in der Schweiz besteht seit 1950 eine Statthalterei des Ordens. Ihr Sitz ist im St. Michaelsstift in Beromünster, wo sich beim Kreuzgang auch eine schöne Wappentafel befindet. Die Statthalterei ist als Verein im Sinne des ZGB konstituiert. Sie ist in eine deutschschweizerische Sektion sowie in je eine Sektion der französisch- und der italienischsprachigen Schweiz unterteilt. Die beiden erstgenannten sind in Komtureien gegliedert. Die schweizerischen Statuten halten den gemeinnützigen Charakter und den Verzicht auf Gewinnstreben fest.